Dopo aver installato wine vi potreste trovare con delle associazioni di file inutili, se non dannose. Ad esempio potreste trovarvi con vari tipi di file associati al notepad di windows, e se alcuni programmi (nel mio caso eclipse su java) se ne fregano delle priorità delle associazioni che avete assegnato nel sistema potreste trovarvi a veder partire wine con un semplice doppio click su un file di testo...
... situazione noiosa.
Purtroppo non c'è un modo "elegante" (leggi: una semplice opzione da spuntare) per evitare che wine si integri col desktop di linux, nonostante la problematica sia conosciuta: http://bugs.winehq.org/show_bug.cgi?id=19182
