Dopo l'ultimo update di fontconfig (su arch linux, ma credo la cosa valga per qualunque distribuzione) potreste iniziare a notare in console questo avvertimento, ogni tanto:
Fontconfig warning: "/etc/fonts/conf.d/50-user.conf", line 9: reading configurations from ~/.fonts.conf is deprecated.
Nessun problema reale per il momento, ma potrebbero essercene in futuro: la posizione di default del file di configurazione utente è stata spostata, e non è quindi più ~/fonts.conf.
La nuova posizione è "${XDG_CONFIG_HOME}/fontconfig/fonts.conf", e considerando che per default ${XDG_CONFIG_HOME} = "~/.config", in pratica:
~/.config/fontconfig/fonts.conf